Con el 4-0 en el partido de ida, con los que prácticamente garantizó la clasificación, el conjunto ecuatoriano completó un contundente 5-1 en el global.
El argentino Claudio Spinelli abrió el marcador en el minuto 37 para los visitantes y su compatriota Pablo Vegetti empató en el 66 para los locales.
Al clasificar a la siguiente ronda de la Sudamericana, los dirigidos por el español Javier Rabanal se enfrentarán con el Mushuc Runa, una de las grandes revelaciones del torneo, al terminar invicto en el Grupo E.
Con la necesidad de remontar la fuerte desventaja obtenida en Quito, Vasco entró dominando en la cancha. Pero de nada sirvieron los intentos del club carioca para intentar clasificar a octavos en casa.
Pese a su insistente ofensiva, la defensa de los ecuatorianos bloqueó las pocas llegadas de los cruzmaltinos, jalonados por un Vegetti empecinado en marcar y en lograr un milagro difícil de alcanzar.
El primer intento del delantero argentino se dio a los nueve minutos del partido y de cabeza, pero fue frenado por su compatriota Guido Villar, al defender acertadamente el arco ecuatoriano.
La segunda gran oportunidad fue justo después de que Spinelli marcara para el Independiente con un cabezazo que no pudo atajar Léo Jardim.
Tras una asistencia de Nuno, Vegetti lanzó un disparo que terminó llegando directo a los brazos de Villar.
El delantero del Vasco no se dio por vencido y siguió insistente en su batalla hasta que logró su objetivo en el segundo tiempo con un cabezazo que mandó el balón a una esquina de la red.
Spinelli no quedó contento y minutos después salió en busca de un segundo tanto para Independiente, pero Léo Jardím defendió como un leopardo.
El conjunto brasileño insistió hasta el último minuto ante un rival ecuatoriano al que le servía el empate y que renunció a una ofensiva más contundente para administrar la igualdad.