Borré marcó de cabeza a los seis minutos tras un tiro de esquina desde la derecha, pero Banfield consiguió la igualdad a los 18 gracias a Agustín Fontana, que también anotó de cabeza.
Por la misma vía llegó al gol Giuliano Galoppo, a los 37 minutos.
El tercer tanto lo hizo en propia puerta Javier Pinola tras un error compartido con su compañero de la zaga, el defensor chileno Paulo Díaz.
El centrocampista de River Plate Ignacio Fernández tuvo que ser reemplazado por molestias físicas apenas comenzado el segundo tiempo.
Con este resultado, Banfield lidera el Grupo 3 junto a Rosario Central, que este lunes le ganó a Godoy Cruz por 2-1.
Este nuevo campeonato lo disputan 24 equipos divididos en seis zonas.
Tras dos partidos ante cada rival, los dos mejores de cada grupo pasarán a la Fase Campeón de Copa 2020, divididos en dos zonas.
Los ganadores de esos dos grupos se enfrentarán en una final para definir al campeón, que se clasificará para la Copa Libertadores de 2021.