Baldomar anotó en el minuto 47 del encuentro, que se jugó en el estadio Víctor Agustín Ugarte, de Potosí.
El ganador de esta llave se enfrentará en la tercera fase al que resulte vencedor entre el Argentinos Juniors y el Barcelona ecuatoriano.
En el encuentro de esta jornada, el Nacional tuvo algunas oportunidades más que el Botafogo para abrir el marcador, una de las más claras en el minuto 13, primero tras un remate del uruguayo Leandro Otormín que desvió el guardameta Leo Linck.
Esa jugada originó un tiro de esquina favorable a la Banda Roja, seguido de un intento de despeje de Alex Telles que casi termina en autogol, pero que dio contra el palo, para fortuna de la visita.
Otormín y Leo Linck tuvieron otro mano a mano en el minuto 22, mas el guardameta brasileño pudo despejar el disparo del uruguayo.
El Fogao tuvo una opción en el minuto 34, con una jugada combinada entre el argentino Álvaro Montoro y el colombiano Jordan Barrera, aunque este último no pudo concretar la anotación.
Cerca del final de la primera mitad, Matheus Martins pudo poner en ventaja al plantel del argentino Martín Anselmi, pues dejó en el camino a la defensa y al portero del Nacional, pero le falló la puntería.
Ni bien iniciado el segundo tiempo, el equipo dirigido por Jesús Egüez abrió el marcador mediante una jugada nacida en un tiro libre corto del ecuatoriano Maicon Solís para el recién ingresado Jorge Rojas, quien hizo un centro que Baldomar aprovechó para embocar el balón con un cabezazo.
A los pocos minutos, Montoro se volvió a perder el gol al no alcanzar a conectar un pase de Vitinho.
El árbitro ecuatoriano Augusto Aragón anuló un gol al Nacional en el minuto 61, tras confirmar una posición adelantada mediante un chequeo del VAR.
A falta de 10 minutos para que se cumpliera el tiempo reglamentario, el capitán del Botafogo, Alex Telles, ejecutó un potente tiro libre que el guardameta boliviano Pedro Galindo pudo despejar.
Durante el encuentro, Aragón amonestó a Ponte, Barrera y Newton.
La vuelta se jugará dentro de una semana en Río de Janeiro.