El Real Madrid y el Barcelona tienen la ventaja teórica de disputar los partidos de vuelta en el Santiago Bernabéu y el Camp Nou, y se evitarían hasta una hipotética final, ya que han quedado en distintas partes del cuadro.
Si el Real Madrid gana al Apoel se enfrentará con el vencedor de la eliminatoria Olympique Marsella-Bayern Múnich; y si el Barça supera al Milan jugará en la semifinal ante el que gane el duelo Benfica-Chelsea.
Los emparejamientos de los cuartos de final son los siguientes (27/28 marzo y 3/4 abril):
1. Apoel Nicosia (CYP) - Real Madrid (ESP)
2. O. Marsella (FRA) - Bayern Múnich (GER)
3. Benfica (POR) - Chelsea (ING)
4. Milan (ITA) - Barcelona (ESP)
Emparejamientos de semifinales (17/18 abril y 24/25 abril):
1. Ganador 2 - Ganador 1
2. Ganador 3 - Ganador 4
Final (Múnich Arena, 19 mayo 20.45)
Ganador Semifinal 1 - Ganador Semifinal 2
