El campeón de la Copa Paraguay clasifica a la Copa Sudamericana 2019.Aunque los torneos de ascenso empiezan a definirse, la Copa Paraguay, 1ª edición, tendrá a varios de ellos aún en actividad, en la búsqueda del título y el pasaje a la Copa Sudamericana 2019.
La última semana de setiembre y la primera de octubre tendrán la actividad principal de la segunda fase (ver info), que abarca a clubes de gran parte del país, y donde están casi todos los equipos de la Primera División.
El único que se eliminó fue Independiente de Campo Grande, ante River Plate, que lidera en la División Intermedia. El sistema de clasificación a la tercera fase será el siguiente: avanzan los doce vencedores de cada llave, a estos se sumarán los cuatro mejores perdedores (coeficiente que se sacará dependiendo de los resultados obtenidos en la primera y segunda fases).
Al tener los 16 equipos clasificados, se realizará un nuevo sorteo donde se armarán las llaves definitivas de octavos de final, con el correspondiente camino hasta la final.
Se mantendrá la prioridad de las localías para los equipos del interior, pero en caso de no estar habilitadas las canchas, se pondrá un campo neutral.