La histórica reunión para la fundación de la primera liga de fútbol en Paraguay se registró en la redacción de EL DIARIO, ubicada en Montevideo 170, que acunó su nacimiento en el corazón de Asunción. En pleno centro capitalino de comienzos del Siglo XX, cinco clubes que por entonces practicaban la novel disciplina, conformaron la entidad que hoy cumple 119 años.
Dicha reunión fue a instancias del director de dicho medio, Adolfo Riquelme, gran líder político y deportivo, quien propició la reunión, que se dio el anecdótico puntapié inicial, aquella noche del lunes 18 de junio de 1906. (Datos Pedro García Gorozzo).
En 1917, la Liga construyó el estadio Stadium de Sajonia (actualmente el Defensores del Chaco) en el barrio Sajonia. De esta manera, Asociación Paraguaya de Fútbol se convirtió en una de las pocas en todo el mundo en tener su propio estadio.
El 3 de diciembre de 1998 cambió su nombre al actual, Asociación Paraguaya de Fútbol.
En la actualidad las oficinas administrativas de la APF se encuentran en la sede del Comité Olímpico Paraguyo, en el Parque Olímpico en Ñu Guazú.
Entre los logros más importantes se pueden destacar:
* La obtención de dos Copas América (1953 y 1979).
* Medalla de Plata en los JJ.OO de Atenas 2004.
* Histórico pase a octavos de final en la Copa Mundial de la FIFA 2010.
* Los Pynandi se consagran campeones de América 2022.
*Actualmente la Albirroja está a un paso de sellar clasificación a la próxima Copa del Mundo 2026.
* Será anfitrión de la Copa del Mundo 2030 (un partido).
