Contra todos los pronósticos, la formación de Cienciano le dio en el 2003 al fútbol de su país el primero y hasta ahora único título de la Sudamericana tras derrotar en la final al argentino River Plate.
Un River Plate que dirigía el chileno Manuel Pellegrini y que contaba en sus filas con jugadores como Marcelo Gallardo, Maxi López, Lucho González, Javier Mascherano y Marcelo Salas.
El empate 3-3 en el estadio Monumental de Buenos Aires y el triunfo por 1-0 en el Monumental de Arequipa, sellaron la victoria de los cusqueños, orientados por el entrenador peruano Freddy Ternero.
El camino del Cienciano se inició en la primera fase cuando apeó al también peruano Alianza Lima. En segunda instancia eliminó a la Universidad Católica chilena, en cuartos sacó al Santos brasileño y en semifinales se impuso ante el colombiano Atlético Nacional.
En la final, en el partido de ida en Argentina el 10 de diciembre de 2003, igualó 3-3 con River Plate ante 65 mil espectadores.
En ese encuentro Cienciano comenzó ganando con gol de Giuliano Portilla a los 26 minutos, pero la alegría fue efímera porque Maxi López igualó a los 28 y aumentó a los 50 minutos para el 2-1 parcial a favor de River.
Germán Carty, el máximo goleador de esa edición con seis tantos, logró el 2-2 para los peruanos a los 67; y a los 79 Portilla anotó el 2-3. Sin embargo, Marcelo Salas le aguó la fiesta a los cusqueños al convertir a los 85 el 3-3 definitivo.
En el partido de vuelta por la final, que se jugó el 19 de diciembre en el Monumental de Arequipa, ante 45 mil espectadores, Cienciano se impuso por 1-0 con un gol a los 78 minutos del defensa Carlos Lugo.
El equipo peruano, incluso, terminó con nueve jugadores el choque por el título debido a la expulsión, por doble amonestación, de Juan Carlos La Rosa, a los 52 minutos, y de Julio García, a los 86, ambos centrocampistas.
Después vino la celebración en el campo de juego y la fiesta en las tribunas por lo que sería el primer título de un equipo de Perú en la Copa Sudamericana.
Ningún otro club peruano ha podido emular al Cienciano.
Este año, el que estuvo más cerca de la gesta fue Melgar. Llegó hasta la semifinal en la que cayó ante el ecuatoriano Independiente del Valle y en sus filas contó con el goleador de la edición 2022, el argentino Bernardo Cuesta, con 8 anotaciones.
La final única de la edición 21 de la Copa Sudamericana entre Sao Paulo e Independiente del Valle se jugará el 1 de octubre en el estadio Mario Alberto Kempes de la ciudad argentina de Córdoba.