De confirmarse, lo trascendido será el segundo ciclo del estratega en filas del Legendario. Su primera experiencia comenzó en febrero del 2016.
Luego de un mal inicio del torneo Apertura, momento en que Guaraní llegó a ocupar los últimos puestos de la tabla, Arce logró levantar considerablemente el nivel del equipo, tanto que ascendió varias posiciones hasta finalizar en el 4º lugar.
En el Clausura 2016 se colocó al frente de la tabla hasta la cuarta fecha, tras la cual Arce dimitió para asumir el mando de la Selección Nacional, por segunda ocasión.