De la ciudad de Ypehũ, Zona Baja de Canindeyú, su nombre se debe a la formación rocosa de la Cordillera del Mbaracayú, según informó José Quintana, secretario y fanático de dicha entidad deportiva y autor del himno oficial del club, cuya música pertenece a Rodolfo Rojas Rojas.
El origen etimológico del nombre Mbarakayú es: Mbaraka (guitarra) y yu (amarillo) o sea guitarra amarilla.
El festejo por los 100 años ya se inició con entrega de pergaminos de reconocimiento a los dirigentes antiguos y actuales, como también a los jugadores históricos y aún vigentes, lo que se cerrará con un churrasco conmemorativo el próximo miércoles 4 de septiembre, fecha que reunirá a todos los mbaracayuénses.
Su último y único título el club lo alcanzó en el año 2013 quedando con el subcampeonato en los años 2022 y 2023.
