Justo Villar comenzó su carrera en Sol de América en 1996, luego pasó a Libertad, con el que fue campeón local. En 2004 fichó por el Newell’s argentino, con el que también se coronó, y en 2008 viajó a España fichado por el Real Valladolid.
Fueron tres temporadas, hasta 2011, que resultaron de ensueño y en las que tuvo citas cara a cara con nada menos que con Lionel Messi y , dos de los mejores futbolistas de todos los tiempos.
“Me tocó competir en la Liga más linda del mundo y además coincidió en que estaban los dos mejores del mundo. Saliendo de donde lo hice, de mi pueblo de Cerrito allá en Ñeembucú”, manifestó con orgullo d su pueblo natal, en el extremo sur del país.
Villar ante Messi en un Argentina-Paraguay en Copa América de Chile 2015.
Frente a Messi y Ronaldo “me tocó ganar, me tocó perder”, expresó.
Admitió que en ese tiempo puede ser que Messi y Cristiano no recuerden los goles que le marcaron. Él sí, “y muy bien”.
Posteriormente, regresó a Argentina fichado por . Pasó por Nacional de Paraguay y luego chileno antes de cerrar su carrera en el mismo Nacional.